Molecule

Gdp

AlkaPlorer ID: AK004689

Synonym: None

IUPAC Name: [(2R,3S,4R,5R)-5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate

Structure

SMILES: N=C1N=C(O)C2=C(N1)N([C@@H]1O[C@H](COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)[C@@H](O)[C@H]1O)C=N2

InChI: InChI=1S/C10H15N5O11P2/c11-10-13-7-4(8(18)14-10)12-2-15(7)9-6(17)5(16)3(25-9)1-24-28(22,23)26-27(19,20)21/h2-3,5-6,9,16-17H,1H2,(H,22,23)(H2,19,20,21)(H3,11,13,14,18)/t3-,5-,6-,9-/m1/s1

InChIKey: QGWNDRXFNXRZMB-UUOKFMHZSA-N

Reference

PubChem CID: 135398619

CAS: 146-91-8

LOTUS: LTS0172390

NPASS: NPC177169

Source

Species	Genus	Family	Order	Class	Phylum	Kingdom	Domain
Homo sapiens	Homo	Hominidae	Primates	Mammalia	Chordata	Metazoa	Eukaryota
Mus musculus	Mus	Muridae	Rodentia	Mammalia	Chordata	Metazoa	Eukaryota
Escherichia coli	Escherichia	Enterobacteriaceae	Enterobacterales	Gammaproteobacteria	Pseudomonadota	None	Bacteria

Properties Information

Molecule Weight: 443.20200000000006

TPSA？: 253.56

MolLogP？: -2.2100300000000006

Number of H-Donors: 8

Number of H-Acceptors: 12

RingCount: 3

Activities Information

Organism	Target Name	Standard Type	Standard Value	Standard Units	doi
Escherichia coli K-12	Ketopantoate reductase	Kd	373000.0	nM	10.1021/jm060490r
Homo sapiens	Aldehyde dehydrogenase 1A1	Potency	2818.4	nM	None
Homo sapiens	Fucosyltransferase 5	IC50	67000.0	nM	10.1016/s0960-894x(01)00282-7
Homo sapiens	Fucosyltransferase 9	IC50	59000.0	nM	10.1016/j.bmc.2014.09.038
Homo sapiens	Fucosyltransferase 9	Inhibition	75.0	%	10.1016/j.bmc.2014.09.038
Homo sapiens	Fucosyltransferase 9	Ki	77900.0	nM	10.1016/j.bmc.2014.09.038
Homo sapiens	Purinergic receptor P2Y2	Ratio EC50	54.0	None	10.1021/jm060485n
Homo sapiens	Pyrimidinergic receptor P2Y4	Ratio EC50	90.0	None	10.1021/jm060485n
Homo sapiens	Pyrimidinergic receptor P2Y6	EC50	45000.0	nM	10.1021/jm060485n
Homo sapiens	Pyrimidinergic receptor P2Y6	Ratio EC50	500.0	None	10.1021/jm060485n
Homo sapiens	Ras-related protein Rab-7a	Inhibition	nan	%	None
Homo sapiens	Ras-related protein Rab-7a	Kd	25.83	nM	None
Homo sapiens	Ras-related protein Rab-7a	Kd	37.62	nM	None
Homo sapiens	Ras-related protein Rab-7a	Kd	92.12	nM	None
Homo sapiens	Ras-related protein Rab-7a	Kd	109.2	nM	None
Homo sapiens	Regulator of G-protein signaling 4	Potency	597.3	nM	None
Homo sapiens	Survival motor neuron protein	Potency	14125.4	nM	None
Schistosoma mansoni	Schistosoma mansoni	In vitro activity	nan	None	10.6019/CHEMBL5096127
Trypanosoma brucei brucei	Dolichol-phosphate-mannose synthase	Inhibition	8.5	%	10.1021/jm1013693
None	No relevant target	Activity	0.5	equiv	10.1021/acsmedchemlett.6b00373
None	No relevant target	Activity	2.0	equiv	10.1021/acsmedchemlett.6b00373
None	Unchecked	Activity	49.7	%	10.1038/nature05704
None	Unchecked	IC50	5000.0	nM	10.1016/S0960-894X(97)00189-3
None	Unchecked	Inhibition	75.0	%	10.1016/j.bmc.2014.09.038

Metabolism Information

AKRT ID	Reaction	Reaction Link ID
AKRT000166	*C(=O)N[C@@H](CO[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O[C@@H]2O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O[C@@H]3O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](O[C@@H]4O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]4O[C@@H]4O[C@@H](C)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]4O)[C@H]3NC(C)=O)[C@H]2O)[C@H](O)[C@H]1O)[C@H](O)/C=C/CCCCCCCCCCCCC.Nc1nc2c(ncn2[C@@H]2O[C@H](COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)[C@@H](O)[C@H]2O)c(=O)[nH]1>>C[C@@H]1O[C@@H](OP(=O)(O)OP(=O)(O)OC[C@H]2OC(n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)[C@H](O)[C@@H]2O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H]1O	MNXR148870
AKRT000167	*C(=O)N[C@@H](CO[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O[C@@H]2O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O[C@@H]3O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](O[C@@H]4O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]4O[C@H]4O[C@@H](C)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]4O)[C@H]3NC(C)=O)[C@H]2O)[C@H](O)[C@H]1O)[C@H](O)/C=C/CCCCCCCCCCCCC.Nc1nc2c(ncn2[C@@H]2O[C@H](COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)[C@@H](O)[C@H]2O)c(=O)[nH]1>>C[C@@H]1O[C@H](OP(=O)(O)OP(=O)(O)OC[C@H]2O[C@@H](n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)[C@H](O)[C@@H]2O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H]1O	MNXR175456
AKRT000171	*C(=O)N[C@@H](CO[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O[C@@H]2O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O[C@@H]3O[C@H](CO)[C@@H](O[C@@H]4O[C@@H](C)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]4O)[C@H](O[C@@H]4O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]4O[C@@H]4O[C@@H](C)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]4O)[C@H]3NC(C)=O)[C@H]2O)[C@H](O)[C@H]1O)[C@H](O)/C=C/CCCCCCCCCCCCC.Nc1nc2c(ncn2[C@@H]2O[C@H](COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)[C@@H](O)[C@H]2O)c(=O)[nH]1>>C[C@@H]1O[C@H](OP(=O)(O)OP(=O)(O)OC[C@H]2O[C@@H](n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)[C@H](O)[C@@H]2O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H]1O	MNXR99739
AKRT000172	*C(=O)N[C@@H](CO[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O[C@@H]2O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O[C@@H]3O[C@H](CO)[C@@H](O[C@@H]4O[C@@H](C)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]4O)[C@H](O[C@@H]4O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O[C@H]5O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]5NC(C)=O)[C@H]4O[C@@H]4O[C@@H](C)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]4O)[C@H]3NC(C)=O)[C@H]2O)[C@H](O)[C@H]1O)[C@H](O)/C=C/CCCCCCCCCCCCC.Nc1nc2c(ncn2[C@@H]2O[C@H](COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)[C@@H](O)[C@H]2O)c(=O)[nH]1>>C[C@@H]1O[C@H](OP(=O)(O)OP(=O)(O)OC[C@H]2O[C@@H](n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)[C@H](O)[C@@H]2O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H]1O	MNXR99737
AKRT000173	*C(=O)N[C@@H](CO[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O[C@@H]2O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O[C@@H]3O[C@H](CO)[C@@H](O[C@@H]4O[C@@H](C)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]4O)[C@H](O[C@@H]4O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O[C@H]5O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]5O)[C@H]4O[C@@H]4O[C@@H](C)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]4O)[C@H]3NC(C)=O)[C@H]2O)[C@H](O)[C@H]1O)[C@H](O)/C=C/CCCCCCCCCCCCC.Nc1nc2c(ncn2[C@@H]2O[C@H](COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)[C@@H](O)[C@H]2O)c(=O)[nH]1>>C[C@@H]1O[C@H](OP(=O)(O)OP(=O)(O)OC[C@H]2O[C@@H](n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)[C@H](O)[C@@H]2O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H]1O	MNXR99741
AKRT000180	*C(=O)N[C@@H](CO[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O[C@@H]2O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O[C@@H]3O[C@H](CO)[C@@H](O[C@@H]4O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]4O[C@@H]4O[C@@H](C)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]4O)[C@H](O)[C@H]3NC(C)=O)[C@H]2O)[C@H](O)[C@H]1O)[C@H](O)/C=C/CCCCCCCCCCCCC.Nc1nc2c(ncn2[C@@H]2O[C@H](COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)[C@@H](O)[C@H]2O)c(=O)[nH]1>>C[C@@H]1O[C@H](OP(=O)(O)OP(=O)(O)OC[C@H]2O[C@@H](n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)[C@H](O)[C@@H]2O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H]1O	MNXR99723
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AKRT000239	*C(=O)N[C@@H](CO[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O[C@@H]2O[C@H](CO)[C@H](O[C@@H]3O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O[C@@H]4O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]4O[C@@H]4O[C@@H](C)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]4O)[C@H]3NC(C)=O)[C@H](O[C@]3(C(=O)O)C[C@H](O)[C@@H](NC(C)=O)[C@H]([C@H](O)[C@H](O)CO)O3)[C@H]2O)[C@H](O)[C@H]1O)[C@H](O)/C=C/CCCCCCCCCCCCC.Nc1nc2c(ncn2[C@@H]2O[C@H](COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)[C@@H](O)[C@H]2O)c(=O)[nH]1>>C[C@@H]1O[C@@H](OP(=O)(O)OP(=O)(O)OC[C@H]2OC(n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)[C@H](O)[C@@H]2O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H]1O	MNXR183019
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AKRT000375	C(=O)OC[C@H](COP(=O)(O)O[C@H]1[C@H](O[C@H]2O[C@H](CO[C@H]3O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H]3O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H]2O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O[C@H]1O[C@H](COC()=O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H]1O)OC(*)=O.Nc1nc2c(ncn2[C@@H]2O[C@H](COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)[C@@H](O)[C@H]2O)c(=O)[nH]1>>Nc1nc2c(ncn2[C@@H]2O[C@H](COP(=O)(O)OP(=O)(O)O[C@H]3O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H]3O)[C@@H](O)[C@H]2O)c(=O)[nH]1	MNXR184888
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AKRT000573	NC(CC(=O)N[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O[C@@H]2O[C@H](CO)[C@@H](O[C@@H]3O[C@H](CO[C@H]4O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H]4O[C@H]4O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H]4NC(C)=O)[C@@H](O)[C@H](O[C@H]4O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H]4O[C@@H]4O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H]4NC(C)=O)[C@@H]3O)[C@H](O)[C@H]2NC(C)=O)[C@H](O[C@@H]2O[C@@H](C)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]2O)[C@H]1NC(C)=O)C()=O.Nc1nc2c(ncn2[C@@H]2O[C@H](COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)[C@@H](O)[C@H]2O)c(=O)[nH]1>>C[C@@H]1O[C@H](OP(=O)(O)OP(=O)(O)OC[C@H]2O[C@@H](n3cnc4c(=O)[nH]c(N)nc43)[C@H](O)[C@@H]2O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H]1O	MNXR174112
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