Molecule

lipid A (E. coli)

AlkaPlorer ID: AK004704

Synonym: 'E. coli lipid A'

IUPAC Name: [(2R,3S,4R,5R,6R)-2-[[(2R,3R,4R,5S,6R)-3-[[(3R)-3-dodecanoyloxytetradecanoyl]amino]-6-(hydroxymethyl)-5-phosphonooxy-4-[(3R)-3-tetradecanoyloxytetradecanoyl]oxyoxan-2-yl]oxymethyl]-3-hydroxy-5-[[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino]-6-phosphonooxyoxan-4-yl] (3R)-3-hydroxytetradecanoate

Structure

SMILES: CCCCCCCCCCCCCC(=O)O[C@H](CCCCCCCCCCC)CC(=O)O[C@@H]1[C@@H](N=C(O)C[C@@H](CCCCCCCCCCC)OC(=O)CCCCCCCCCCC)[C@H](OC[C@H]2O[C@H](OP(=O)(O)O)[C@H](N=C(O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H](OC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H]2O)O[C@H](CO)[C@H]1OP(=O)(O)O

InChI: InChI=1S/C94H178N2O25P2/c1-7-13-19-25-31-37-38-44-50-56-62-68-84(103)115-78(66-60-54-48-42-35-29-23-17-11-5)72-86(105)119-92-88(96-82(101)71-77(65-59-53-47-41-34-28-22-16-10-4)114-83(102)67-61-55-49-43-36-30-24-18-12-6)93(116-79(73-97)90(92)120-122(107,108)109)113-74-80-89(106)91(118-85(104)70-76(99)64-58-52-46-40-33-27-21-15-9-3)87(94(117-80)121-123(110,111)112)95-81(100)69-75(98)63-57-51-45-39-32-26-20-14-8-2/h75-80,87-94,97-99,106H,7-74H2,1-6H3,(H,95,100)(H,96,101)(H2,107,108,109)(H2,110,111,112)/t75-,76-,77-,78-,79-,80-,87-,88-,89-,90-,91-,92-,93-,94-/m1/s1

InChIKey: GZQKNULLWNGMCW-PWQABINMSA-N

Reference

The Structure of Uncommon Lipid A from the Marine Bacterium Marinomonas communis ATCC 27118T

PubChem CID: 9877306

LOTUS: LTS0113641

NPASS: NPC318268

Source

Species	Genus	Family	Order	Class	Phylum	Kingdom	Domain
Marinomonas communis	Marinomonas	Oceanospirillaceae	Oceanospirillales	Gammaproteobacteria	Pseudomonadota	None	Bacteria

Properties Information

Molecule Weight: 1798.3950000000004

TPSA？: 412.5100000000001

MolLogP？: 22.278400000000023

Number of H-Donors: 10

Number of H-Acceptors: 21

RingCount: 2

Activities Information

Organism	Target Name	Standard Type	Standard Value	Standard Units	doi

Metabolism Information

AKRT ID	Reaction	Reaction Link ID
AKRT000335	C(=O)OC[C@H](COP(=O)(O)OCCN)OC()=O.CCCCCCCCCCCCCC(=O)O[C@H](CCCCCCCCCCC)CC(=O)O[C@H]1[C@H](OP(=O)(O)O)[C@@H](CO)O[C@@H](OC[C@H]2O[C@H](OP(=O)(O)O)[C@H](NC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H](OC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H]2O)[C@@H]1NC(=O)C[C@@H](CCCCCCCCCCC)OC(=O)CCCCCCCCCCC>>CCCCCCCCCCCCCC(=O)O[C@H](CCCCCCCCCCC)CC(=O)O[C@H]1[C@H](OP(=O)(O)O)[C@@H](CO)O[C@@H](OC[C@H]2O[C@H](OP(=O)(O)OP(=O)(O)OCCN)[C@H](NC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H](OC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H]2O)[C@@H]1NC(=O)C[C@@H](CCCCCCCCCCC)OC(=O)CCCCCCCCCCC	MNXR186327
AKRT000336	C(=O)OC[C@H](COP(=O)(O)OCCN)OC()=O.CCCCCCCCCCCCCC(=O)O[C@H](CCCCCCCCCCC)CC(=O)O[C@H]1[C@H](OP(=O)(O)O)[C@@H](CO)O[C@@H](OC[C@H]2O[C@H](OP(=O)(O)O)[C@H](NC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H](OC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H]2O)[C@@H]1NC(=O)C[C@@H](CCCCCCCCCCC)OC(=O)CCCCCCCCCCC>>CCCCCCCCCCCCCC(=O)O[C@H](CCCCCCCCCCC)CC(=O)O[C@H]1[C@H](OP(=O)(O)OP(=O)(O)OCCN)[C@@H](CO)O[C@@H](OC[C@H]2O[C@H](OP(=O)(O)O)[C@H](NC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H](OC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H]2O)[C@@H]1NC(=O)C[C@@H](CCCCCCCCCCC)OC(=O)CCCCCCCCCCC	MNXR187152
AKRT000395	*C(=O)O[C@H](COC(=O)CCCCCCCCCCCCCCC)COP(=O)(O)OCC[N+](C)(C)C.CCCCCCCCCCCCCC(=O)O[C@H](CCCCCCCCCCC)CC(=O)O[C@@H]1[C@@H](NC(=O)C[C@@H](CCCCCCCCCCC)OC(=O)CCCCCCCCCCC)[C@H](OC[C@H]2O[C@H](OP(=O)(O)O)[C@H](NC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H](OC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H]2O)O[C@H](CO)[C@H]1OP(=O)(O)O>>CCCCCCCCCCCCCCCC(=O)O[C@H](CCCCCCCCCCC)CC(=O)N[C@H]1[C@@H](OP(=O)(O)O)O[C@H](CO[C@@H]2O[C@H](CO)[C@@H](OP(=O)(O)O)[C@H](OC(=O)C[C@@H](CCCCCCCCCCC)OC(=O)CCCCCCCCCCCCC)[C@H]2NC(=O)C[C@@H](CCCCCCCCCCC)OC(=O)CCCCCCCCCCC)[C@@H](O)[C@@H]1OC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC	RXN0-1842
AKRT000396	*C(=O)O[C@H](COC(=O)CCCCCCCCCCCCCCC)COP(=O)(O)OCC[N+](C)(C)C.CCCCCCCCCCCCCC(=O)O[C@H](CCCCCCCCCCC)CC(=O)O[C@H]1[C@H](OP(=O)(O)O)[C@@H](CO)O[C@@H](OC[C@H]2O[C@H](OP(=O)(O)O)[C@H](NC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H](OC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H]2O)[C@@H]1NC(=O)C[C@@H](CCCCCCCCCCC)OC(=O)CCCCCCCCCCC>>CCCCCCCCCCCCCCCC(=O)O[C@H](CCCCCCCCCCC)CC(=O)N[C@H]1[C@@H](OP(=O)(O)O)O[C@H](CO[C@@H]2O[C@H](CO)[C@@H](OP(=O)(O)O)[C@H](OC(=O)C[C@@H](CCCCCCCCCCC)OC(=O)CCCCCCCCCCCCC)[C@H]2NC(=O)C[C@@H](CCCCCCCCCCC)OC(=O)CCCCCCCCCCC)[C@@H](O)[C@@H]1OC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC	MNXR186057
AKRT007918	CCCCCC(=O)OC[C@H](COP(=O)(O)OCCN)OC(=O)CCCCC.CCCCCCCCCCCCCC(=O)O[C@H](CCCCCCCCCCC)CC(=O)O[C@H]1[C@H](OP(=O)(O)O)[C@@H](CO)O[C@@H](OC[C@H]2O[C@H](OP(=O)(O)O)[C@H](NC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H](OC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H]2O)[C@@H]1NC(=O)C[C@@H](CCCCCCCCCCC)OC(=O)CCCCCCCCCCC>>CCCCCCCCCCCCCC(=O)O[C@H](CCCCCCCCCCC)CC(=O)O[C@H]1[C@H](OP(=O)(O)O)[C@@H](CO)O[C@@H](OC[C@H]2O[C@H](OP(=O)(O)OP(=O)(O)OCCN)[C@H](NC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H](OC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H]2O)[C@@H]1NC(=O)C[C@@H](CCCCCCCCCCC)OC(=O)CCCCCCCCCCC	enzymemap_49648
AKRT007919	CCCCCC(=O)OC[C@H](COP(=O)(O)OCCN)OC(=O)CCCCC.CCCCCCCCCCCCCC(=O)O[C@H](CCCCCCCCCCC)CC(=O)O[C@H]1[C@H](OP(=O)(O)O)[C@@H](CO)O[C@@H](OC[C@H]2O[C@H](OP(=O)(O)O)[C@H](NC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H](OC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H]2O)[C@@H]1NC(=O)C[C@@H](CCCCCCCCCCC)OC(=O)CCCCCCCCCCC>>CCCCCCCCCCCCCC(=O)O[C@H](CCCCCCCCCCC)CC(=O)O[C@H]1[C@H](OP(=O)(O)OP(=O)(O)OCCN)[C@@H](CO)O[C@@H](OC[C@H]2O[C@H](OP(=O)(O)O)[C@H](NC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H](OC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H]2O)[C@@H]1NC(=O)C[C@@H](CCCCCCCCCCC)OC(=O)CCCCCCCCCCC	enzymemap_49649
AKRT008865	CCCCCCCCCCCCCC(=O)O[C@H](CCCCCCCCCCC)CC(=O)O[C@@H]1[C@@H](NC(=O)C[C@@H](CCCCCCCCCCC)OC(=O)CCCCCCCCCCC)[C@H](OC[C@H]2O[C@H](OP(=O)(O)O)[C@H](NC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H](OC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H]2O)O[C@H](CO)[C@H]1OP(=O)(O)O>>CCCCCCCCCCCC(=O)O[C@H](CCCCCCCCCCC)CC(=O)N[C@H]1[C@H](OC[C@H]2O[C@H](OP(=O)(O)O)[C@H](NC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H](OC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H]2O)O[C@H](CO)[C@@H](OP(=O)(O)O)[C@@H]1O	RXN1R65-48
AKRT008866	CCCCCCCCCCCCCC(=O)O[C@H](CCCCCCCCCCC)CC(=O)O[C@@H]1[C@@H](NC(=O)C[C@@H](CCCCCCCCCCC)OC(=O)CCCCCCCCCCC)[C@H](OC[C@H]2O[C@H](OP(=O)(O)O)[C@H](NC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H](OC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H]2O)O[C@H](CO)[C@H]1OP(=O)(O)O>>CCCCCCCCCCCCCC(=O)O[C@H](CCCCCCCCCCC)CC(=O)O	RXN1R65-48
AKRT008867	CCCCCCCCCCCCCC(=O)O[C@H](CCCCCCCCCCC)CC(=O)O[C@H]1[C@H](OP(=O)(O)O)[C@@H](CO)O[C@@H](OC[C@H]2O[C@H](OP(=O)(O)O)[C@H](NC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H](OC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H]2O)[C@@H]1NC(=O)C[C@@H](CCCCCCCCCCC)OC(=O)CCCCCCCCCCC.Nc1ccn([C@@H]2O[C@H](COP(=O)(O)O[C@@]3(C(=O)O)C[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]([C@H](O)CO)O3)[C@@H](O)[C@H]2O)c(=O)n1>>CCCCCCCCCCCCCC(=O)O[C@H](CCCCCCCCCCC)CC(=O)O[C@H]1[C@H](OP(=O)(O)O)[C@@H](CO[C@@]2(C(=O)O)C[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]([C@H](O)CO)O2)O[C@@H](OC[C@H]2O[C@H](OP(=O)(O)O)[C@H](NC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H](OC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H]2O)[C@@H]1NC(=O)C[C@@H](CCCCCCCCCCC)OC(=O)CCCCCCCCCCC	enzymemap_39507
AKRT008868	CCCCCCCCCCCCCC(=O)O[C@H](CCCCCCCCCCC)CC(=O)O[C@H]1[C@H](OP(=O)(O)O)[C@@H](CO)O[C@@H](OC[C@H]2O[C@H](OP(=O)(O)O)[C@H](NC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H](OC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H]2O)[C@@H]1NC(=O)C[C@@H](CCCCCCCCCCC)OC(=O)CCCCCCCCCCC.Nc1ccn([C@@H]2O[C@H](COP(=O)(O)O[C@@]3(C(=O)O)C[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]([C@H](O)CO)O3)[C@@H](O)[C@H]2O)c(=O)n1>>CCCCCCCCCCCCCC(=O)O[C@H](CCCCCCCCCCC)CC(=O)O[C@H]1[C@H](OP(=O)(O)O)[C@@H](CO[C@@]2(C(=O)O)C[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]([C@H](O)CO)O2)O[C@@H](OC[C@H]2O[C@H](OP(=O)(O)O)[C@H](NC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H](OC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H]2O)[C@@H]1NC(=O)C[C@@H](CCCCCCCCCCC)OC(=O)CCCCCCCCCCC	enzymemap_39507
AKRT008987	CCCCCCCCCCCCCCCC(=O)OC[C@H](COP(=O)(O)OCCN)OC(=O)CCCCCCCCCCCCCCC.CCCCCCCCCCCCCC(=O)O[C@H](CCCCCCCCCCC)CC(=O)O[C@H]1[C@H](OP(=O)(O)O)[C@@H](CO)O[C@@H](OC[C@H]2O[C@H](OP(=O)(O)O)[C@H](NC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H](OC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H]2O)[C@@H]1NC(=O)C[C@@H](CCCCCCCCCCC)OC(=O)CCCCCCCCCCC>>CCCCCCCCCCCCCC(=O)O[C@H](CCCCCCCCCCC)CC(=O)O[C@H]1[C@H](OP(=O)(O)O)[C@@H](CO)O[C@@H](OC[C@H]2O[C@H](OP(=O)(O)OP(=O)(O)OCCN)[C@H](NC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H](OC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H]2O)[C@@H]1NC(=O)C[C@@H](CCCCCCCCCCC)OC(=O)CCCCCCCCCCC	enzymemap_49642
AKRT008988	CCCCCCCCCCCCCCCC(=O)OC[C@H](COP(=O)(O)OCCN)OC(=O)CCCCCCCCCCCCCCC.CCCCCCCCCCCCCC(=O)O[C@H](CCCCCCCCCCC)CC(=O)O[C@H]1[C@H](OP(=O)(O)O)[C@@H](CO)O[C@@H](OC[C@H]2O[C@H](OP(=O)(O)O)[C@H](NC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H](OC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H]2O)[C@@H]1NC(=O)C[C@@H](CCCCCCCCCCC)OC(=O)CCCCCCCCCCC>>CCCCCCCCCCCCCC(=O)O[C@H](CCCCCCCCCCC)CC(=O)O[C@H]1[C@H](OP(=O)(O)OP(=O)(O)OCCN)[C@@H](CO)O[C@@H](OC[C@H]2O[C@H](OP(=O)(O)O)[C@H](NC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H](OC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H]2O)[C@@H]1NC(=O)C[C@@H](CCCCCCCCCCC)OC(=O)CCCCCCCCCCC	enzymemap_49643