Molecule

Kanamycin B

AlkaPlorer ID: AK019855

Synonym: None

IUPAC Name: (2R,3S,4R,5R,6R)-5-amino-2-(aminomethyl)-6-[(1R,2S,3S,4R,6S)-4,6-diamino-3-[(2S,3R,4S,5S,6R)-4-amino-3,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]oxy-2-hydroxycyclohexyl]oxyoxane-3,4-diol

Structure

SMILES: NC[C@H]1O[C@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O[C@H]3O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](N)[C@H]3O)[C@H](N)C[C@@H]2N)[C@H](N)[C@@H](O)[C@@H]1O

InChI: InChI=1S/C18H37N5O10/c19-2-6-11(26)12(27)9(23)17(30-6)32-15-4(20)1-5(21)16(14(15)29)33-18-13(28)8(22)10(25)7(3-24)31-18/h4-18,24-29H,1-3,19-23H2/t4-,5+,6+,7+,8-,9+,10+,11+,12+,13+,14-,15+,16-,17+,18+/m0/s1

InChIKey: SKKLOUVUUNMCJE-FQSMHNGLSA-N

Reference

Construction of kanamycin B overproducing strain by genetic engineering of Streptomyces tenebrarius

PubChem CID: 439318

CAS: 4696-76-8

LOTUS: LTS0065355

{

NPAtlas: NPA018696

Source

Species	Genus	Family	Order	Class	Phylum	Kingdom	Domain
Apis cerana	Apis	Apidae	Hymenoptera	Insecta	Arthropoda	Metazoa	Eukaryota

Properties Information

Molecule Weight: 483.5190000000002

TPSA？: 288.4000000000001

MolLogP？: -7.325000000000009

Number of H-Donors: 11

Number of H-Acceptors: 15

RingCount: 3

Activities Information

Organism	Target Name	Standard Type	Standard Value	Standard Units	doi
Acinetobacter baumannii	Acinetobacter baumannii	MIC	4.0	ug.mL-1	10.1021/acs.jmedchem.5b01375
Acinetobacter baumannii	Acinetobacter baumannii	MIC	4.0	ug.mL-1	10.1021/acs.jmedchem.6b00793
Aspergillus nidulans	Aspergillus nidulans	MIC	125.0	ug.mL-1	10.1021/acs.jmedchem.5b01375
Bacillus amyloliquefaciens	Bacillus amyloliquefaciens	MIC	1.56	ug.mL-1	10.1016/j.bmcl.2013.11.079
Bacillus spizizenii	Bacillus spizizenii	MIC	0.39	ug.mL-1	10.1016/j.bmcl.2013.05.006
Bacillus spizizenii	Bacillus spizizenii	MIC	0.39	ug.mL-1	10.1016/j.ejmech.2013.11.020
Bacillus spizizenii	Bacillus spizizenii	MIC	0.39	ug.mL-1	10.1016/j.ejmech.2014.01.018
Bacillus spizizenii	Bacillus spizizenii	MIC	0.39	ug.mL-1	10.1039/C4MD00238E
Bacillus spizizenii	Bacillus spizizenii	MIC	0.78	ug.mL-1	10.1016/j.ejmech.2020.112994
Bacillus spizizenii	Bacillus spizizenii	MIC	1.56	ug.mL-1	10.1016/j.bmcl.2013.09.086
Bacillus subtilis	Bacillus subtilis	IC50	0.39	ug.mL-1	10.1016/j.ejmech.2009.04.014
Bacillus subtilis	Bacillus subtilis	Kd	150000.0	nM	10.1016/j.bmcl.2005.02.007
Bacillus subtilis	Bacillus subtilis	MIC	0.39	ug.mL-1	10.1016/j.bmc.2011.06.048
Bacillus subtilis	Bacillus subtilis	MIC	0.39	ug.mL-1	10.1016/j.bmc.2011.06.077
Bacillus subtilis	Bacillus subtilis	MIC	0.39	ug.mL-1	10.1016/j.bmcl.2009.09.111
Bacillus subtilis	Bacillus subtilis	MIC	0.39	ug.mL-1	10.1016/j.bmcl.2010.01.032
Bacillus subtilis	Bacillus subtilis	MIC	0.39	ug.mL-1	10.1016/j.bmcl.2010.05.105
Bacillus subtilis	Bacillus subtilis	MIC	0.39	ug.mL-1	10.1016/j.ejmech.2008.01.013
Bacillus subtilis	Bacillus subtilis	MIC	0.39	ug.mL-1	10.1016/j.ejmech.2008.04.019
Bacillus subtilis	Bacillus subtilis	MIC	0.5	ug.mL-1	10.1021/jm00108a035
Bacillus subtilis	Bacillus subtilis	MIC	0.5	ug.mL-1	10.1021/jm00108a037
Bacillus subtilis	Bacillus subtilis	MIC	0.98	ug.mL-1	10.1016/j.ejmech.2019.03.026
Bacillus subtilis	Bacillus subtilis	MIC	1.56	ug.mL-1	10.1016/j.bmc.2009.07.046
Bacillus subtilis	Bacillus subtilis	MIC	1.56	ug.mL-1	10.1016/j.bmc.2011.06.049
Bacillus subtilis	Bacillus subtilis	MIC	1.56	ug.mL-1	10.1016/j.ejmech.2019.06.068
Bacillus subtilis	Bacillus subtilis	MIC	1.56	ug.mL-1	10.1039/C6MD00263C
Bacillus subtilis	Bacillus subtilis	MIC	1.562	ug.mL-1	10.1016/j.ejmech.2020.112666
Bacillus subtilis	Bacillus subtilis	MIC	3.13	ug.mL-1	10.1016/j.bmcl.2012.05.091
Bacillus subtilis	Bacillus subtilis	MIC	3.13	ug.mL-1	10.1016/j.bmcl.2013.11.079
Bacillus subtilis	Bacillus subtilis	MIC	4.0	ug.mL-1	10.1021/acs.jmedchem.5b01375
Bacillus subtilis	Bacillus subtilis	MIC	1250.0	nM	10.1016/j.bmcl.2017.04.017
Burkholderia cepacia	Burkholderia cepacia	MIC	32.0	ug.mL-1	10.1021/acs.jmedchem.6b00793
Candida albicans	Candida albicans	Activity	5.0	%	10.1021/acs.jmedchem.5b01375
Candida albicans	Candida albicans	Activity	nan	None	10.1016/j.ejmech.2017.03.075
Candida albicans	Candida albicans	MIC	125.0	ug.mL-1	10.1021/acs.jmedchem.5b01375
Candida albicans	Candida albicans	MIC	250.0	ug.mL-1	10.1039/C8MD00155C
Citrobacter freundii	Citrobacter freundii	MIC	0.5	ug.mL-1	10.1021/jm00108a035
Enterobacter cloacae	Enterobacter cloacae	MIC	0.25	ug.mL-1	10.1021/jm00108a035
Enterobacter cloacae	Enterobacter cloacae	MIC	0.25	ug.mL-1	10.1021/jm00108a037
Enterobacter cloacae	Enterobacter cloacae	MIC	0.5	ug.mL-1	10.1021/acs.jmedchem.5b01375
Enterobacter cloacae	Enterobacter cloacae	MIC	1.562	ug.mL-1	10.1016/j.bmcl.2009.09.111
Enterobacter cloacae	Enterobacter cloacae	MIC	1.562	ug.mL-1	10.1016/j.bmcl.2010.05.105
Enterobacter cloacae	Enterobacter cloacae	MIC	1.562	ug.mL-1	10.1016/j.ejmech.2008.04.019
Enterobacter cloacae	Enterobacter cloacae	MIC	2.0	ug.mL-1	10.1021/jm00190a015
Enterobacter cloacae	Enterobacter cloacae	MIC	125.0	ug.mL-1	10.1021/jm00190a015
Enterococcus	Enterococcus	MIC	128.0	ug.mL-1	10.1021/acs.jmedchem.5b01375
Enterococcus faecalis	Enterococcus faecalis	MIC	0.98	ug.mL-1	10.1039/C8MD00155C
Enterococcus faecalis	Enterococcus faecalis	MIC	3.125	ug.mL-1	10.1016/j.bmcl.2009.09.111
Enterococcus faecalis	Enterococcus faecalis	MIC	3.125	ug.mL-1	10.1016/j.bmcl.2010.05.105
Enterococcus faecalis	Enterococcus faecalis	MIC	3.125	ug.mL-1	10.1016/j.ejmech.2008.04.019
Enterococcus faecalis	Enterococcus faecalis	MIC	16.0	ug.mL-1	10.1021/jm00108a035
Enterococcus faecalis	Enterococcus faecalis	MIC	64.0	ug.mL-1	10.1016/j.bmc.2010.11.065
Enterococcus faecium	Enterococcus faecium	MIC	nan	None	10.1021/acs.jnatprod.1c00208
Escherichia coli	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3	IC50	6300.0	nM	10.1016/j.bmcl.2013.11.079
Escherichia coli	Escherichia coli	Activity	10.0	%	10.1038/nchembio.274
Escherichia coli	Escherichia coli	IC50	3.125	ug.mL-1	10.1016/j.ejmech.2009.04.014
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	1.0	ug.mL-1	10.1021/jm00108a035
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	1.0	ug.mL-1	10.1021/jm00108a037
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	1.0	ug.mL-1	10.1128/aac.01444-09
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	1.56	ug.mL-1	10.1016/j.bmc.2011.06.077
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	1.56	ug.mL-1	10.1016/j.bmcl.2012.05.091
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	1.56	ug.mL-1	10.1016/j.bmcl.2013.05.006
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	1.56	ug.mL-1	10.1016/j.ejmech.2013.11.020
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	1.56	ug.mL-1	10.1016/j.ejmech.2014.01.018
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	1.56	ug.mL-1	10.1016/j.ejmech.2019.06.068
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	1.56	ug.mL-1	10.1016/j.ejmech.2020.112994
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	1.56	ug.mL-1	10.1039/C4MD00238E
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	1.562	ug.mL-1	10.1016/j.bmcl.2010.05.105
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	1.562	ug.mL-1	10.1016/j.ejmech.2020.112666
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	1.95	ug.mL-1	10.1016/j.ejmech.2019.03.026
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	1.95	ug.mL-1	10.1039/C8MD00155C
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	2.0	ug.mL-1	10.1021/acs.jmedchem.5b01375
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	2.0	ug.mL-1	10.1021/jm00190a015
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	2.0	ug.mL-1	10.1021/jm050368c
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	2.08	ug.mL-1	10.1021/acs.jmedchem.9b00599
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	3.125	ug.mL-1	10.1016/j.bmc.2011.06.048
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	3.125	ug.mL-1	10.1016/j.bmcl.2009.09.111
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	3.125	ug.mL-1	10.1016/j.bmcl.2010.01.032
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	3.125	ug.mL-1	10.1016/j.ejmech.2008.01.013
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	3.125	ug.mL-1	10.1016/j.ejmech.2008.04.019
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	3.13	ug.mL-1	10.1016/j.bmc.2009.07.046
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	3.13	ug.mL-1	10.1016/j.bmc.2011.06.049
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	3.13	ug.mL-1	10.1016/j.bmcl.2013.09.086
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	3.13	ug.mL-1	10.1016/j.bmcl.2013.11.079
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	3.13	ug.mL-1	10.1039/C6MD00263C
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	4.0	ug.mL-1	10.1016/j.bmc.2010.11.065
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	4.0	ug.mL-1	10.1021/acs.jmedchem.6b00793
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	4.0	ug.mL-1	10.1021/jm050368c
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	32.0	ug.mL-1	10.1021/acs.jmedchem.2c01469
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	32.0	ug.mL-1	10.1021/acs.jmedchem.6b00793
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	32.0	ug.mL-1	10.1021/jm00190a015
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	64.0	ug.mL-1	10.1016/j.bmc.2010.11.065
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	64.0	ug.mL-1	10.1128/aac.01444-09
Escherichia coli	Escherichia coli	MIC	125.0	ug.mL-1	10.1021/jm00190a015
Escherichia coli K-12	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3	IC50	5600.0	nM	10.1039/C6MD00263C
Fusarium graminearum	Fusarium graminearum	MIC	250.0	ug.mL-1	10.1039/c4md00078a
Fusarium graminearum	Fusarium graminearum	MIC	250.0	ug.mL-1	10.1039/C8MD00155C
Fusarium oxysporum	Fusarium oxysporum	MIC	250.0	ug.mL-1	10.1039/C8MD00155C
Haemophilus influenzae	Haemophilus influenzae	MIC	2.0	ug.mL-1	10.1021/acs.jmedchem.6b00793
Haemophilus influenzae	Haemophilus influenzae	MIC	4.0	ug.mL-1	10.1021/acs.jmedchem.6b00793
Homo sapiens	A549	Activity	nan	None	10.1021/acs.jmedchem.5b01375
Homo sapiens	HEK293	IC50	500.0	ug.mL-1	10.1021/acs.jmedchem.9b00599
Homo sapiens	Histone deacetylase 6	Inhibition	-30.7	%	10.6019/CHEMBL4808148
Homo sapiens	Histone deacetylase 6	Inhibition	-4.82	%	10.6019/CHEMBL4808148
Klebsiella aerogenes	Klebsiella aerogenes	MIC	0.5	ug.mL-1	10.1021/jm00108a035
Klebsiella pneumoniae	Klebsiella pneumoniae	MIC	0.25	ug.mL-1	10.1021/jm00108a035
Klebsiella pneumoniae	Klebsiella pneumoniae	MIC	0.25	ug.mL-1	10.1021/jm00108a037
Klebsiella pneumoniae	Klebsiella pneumoniae	MIC	0.25	ug.mL-1	10.1021/jm00190a015
Klebsiella pneumoniae	Klebsiella pneumoniae	MIC	1.0	ug.mL-1	10.1021/acs.jmedchem.6b00793
Klebsiella pneumoniae	Klebsiella pneumoniae	MIC	1.95	ug.mL-1	10.1039/C8MD00155C
Klebsiella pneumoniae	Klebsiella pneumoniae	MIC	4.0	ug.mL-1	10.1021/acs.jmedchem.5b01375
Klebsiella pneumoniae	Klebsiella pneumoniae	MIC	16.0	ug.mL-1	10.1016/j.bmc.2010.11.065
Klebsiella pneumoniae	Klebsiella pneumoniae	MIC	32.0	ug.mL-1	10.1021/acs.jmedchem.6b00793
Klebsiella pneumoniae	Klebsiella pneumoniae	MIC	64.0	ug.mL-1	10.1021/acs.jmedchem.2c01469
Listeria monocytogenes	Listeria monocytogenes	MIC	0.25	ug.mL-1	10.1021/acs.jmedchem.5b01375
Listeria monocytogenes	Listeria monocytogenes	Ratio	4.0	None	10.1021/acs.jmedchem.5b01375
Mus musculus	NIH3T3	IC50	139600.0	nM	10.1016/j.bmcl.2013.11.079
Mus musculus	NIH3T3	IC50	139600.0	nM	10.1039/C6MD00263C
Mycolicibacterium smegmatis	Mycolicibacterium smegmatis	MIC	0.25	ug.mL-1	10.1021/acs.jmedchem.5b01375
Mycolicibacterium smegmatis	Mycolicibacterium smegmatis	MIC	2.1	ug.mL-1	10.1021/acs.jnatprod.1c00415
Proteus vulgaris	Proteus vulgaris	MIC	0.25	ug.mL-1	10.1021/jm00108a035
Providencia rettgeri	Providencia rettgeri	MIC	0.5	ug.mL-1	10.1021/jm00190a015
Providencia rettgeri	Providencia rettgeri	MIC	32.0	ug.mL-1	10.1021/jm00190a015
Pseudomonas aeruginosa	Pseudomonas aeruginosa	IC50	3.125	ug.mL-1	10.1016/j.ejmech.2009.04.014
Pseudomonas aeruginosa	Pseudomonas aeruginosa	MIC	1.56	ug.mL-1	10.1016/j.bmcl.2012.05.091
Pseudomonas aeruginosa	Pseudomonas aeruginosa	MIC	1.56	ug.mL-1	10.1016/j.bmcl.2013.11.079
Pseudomonas aeruginosa	Pseudomonas aeruginosa	MIC	1.56	ug.mL-1	10.1016/j.ejmech.2019.06.068
Pseudomonas aeruginosa	Pseudomonas aeruginosa	MIC	1.562	ug.mL-1	10.1016/j.ejmech.2020.112666
Pseudomonas aeruginosa	Pseudomonas aeruginosa	MIC	1.95	ug.mL-1	10.1039/C8MD00155C
Pseudomonas aeruginosa	Pseudomonas aeruginosa	MIC	3.125	ug.mL-1	10.1016/j.bmcl.2009.09.111
Pseudomonas aeruginosa	Pseudomonas aeruginosa	MIC	3.125	ug.mL-1	10.1016/j.bmcl.2010.01.032
Pseudomonas aeruginosa	Pseudomonas aeruginosa	MIC	3.125	ug.mL-1	10.1016/j.bmcl.2010.05.105
Pseudomonas aeruginosa	Pseudomonas aeruginosa	MIC	3.125	ug.mL-1	10.1016/j.ejmech.2008.04.019
Pseudomonas aeruginosa	Pseudomonas aeruginosa	MIC	3.13	ug.mL-1	10.1016/j.bmc.2011.06.077
Pseudomonas aeruginosa	Pseudomonas aeruginosa	MIC	3.13	ug.mL-1	10.1016/j.bmcl.2013.05.006
Pseudomonas aeruginosa	Pseudomonas aeruginosa	MIC	3.13	ug.mL-1	10.1016/j.bmcl.2013.09.086
Pseudomonas aeruginosa	Pseudomonas aeruginosa	MIC	3.13	ug.mL-1	10.1016/j.ejmech.2013.11.020
Pseudomonas aeruginosa	Pseudomonas aeruginosa	MIC	3.13	ug.mL-1	10.1016/j.ejmech.2014.01.018
Pseudomonas aeruginosa	Pseudomonas aeruginosa	MIC	3.13	ug.mL-1	10.1016/j.ejmech.2020.112994
Pseudomonas aeruginosa	Pseudomonas aeruginosa	MIC	3.13	ug.mL-1	10.1039/C4MD00238E
Pseudomonas aeruginosa	Pseudomonas aeruginosa	MIC	3.13	ug.mL-1	10.1039/C6MD00263C
Pseudomonas aeruginosa	Pseudomonas aeruginosa	MIC	3.9	ug.mL-1	10.1016/j.ejmech.2019.03.026
Pseudomonas aeruginosa	Pseudomonas aeruginosa	MIC	16.0	ug.mL-1	10.1021/acs.jmedchem.5b01375
Pseudomonas aeruginosa	Pseudomonas aeruginosa	MIC	32.0	ug.mL-1	10.1021/acs.jmedchem.6b00793
Pseudomonas aeruginosa	Pseudomonas aeruginosa	MIC	32.0	ug.mL-1	10.1021/jm00108a035
Pseudomonas aeruginosa	Pseudomonas aeruginosa	MIC	32.0	ug.mL-1	10.1021/jm00190a015
Pseudomonas aeruginosa	Pseudomonas aeruginosa	MIC	63.0	ug.mL-1	10.1021/jm00190a015
Pseudomonas aeruginosa	Pseudomonas aeruginosa	MIC	64.0	ug.mL-1	10.1016/j.bmc.2010.11.065
Pseudomonas aeruginosa	Pseudomonas aeruginosa	MIC	125.0	ug.mL-1	10.1021/acs.jmedchem.9b00599
Pseudomonas aeruginosa	Pseudomonas aeruginosa	MIC	125.0	ug.mL-1	10.1021/jm00190a015
Pseudomonas aeruginosa	Pseudomonas aeruginosa	MIC	128.0	ug.mL-1	10.1021/jm00108a037
Pseudomonas aeruginosa	Pseudomonas aeruginosa	MIC	256.0	ug.mL-1	10.1021/acs.jmedchem.2c01469
Pseudomonas fluorescens	Pseudomonas fluorescens	MIC	3.125	ug.mL-1	10.1016/j.bmc.2011.06.048
Pseudomonas fluorescens	Pseudomonas fluorescens	MIC	3.125	ug.mL-1	10.1016/j.ejmech.2008.01.013
Pseudomonas fluorescens	Pseudomonas fluorescens	MIC	3.13	ug.mL-1	10.1016/j.bmc.2009.07.046
Pseudomonas fluorescens	Pseudomonas fluorescens	MIC	3.13	ug.mL-1	10.1016/j.bmc.2011.06.049
Rattus norvegicus	Lysosomal phospholipase A1	IC50	110000.0	nM	10.1021/jm00108a037
Rhodotorula mucilaginosa	Rhodotorula mucilaginosa	MIC	250.0	ug.mL-1	10.1039/C8MD00155C
Saccharomyces cerevisiae	Saccharomyces cerevisiae	MIC	250.0	ug.mL-1	10.1039/C8MD00155C
Salmonella enterica	Salmonella enterica	MIC	2.0	ug.mL-1	10.1021/acs.jmedchem.5b01375
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium	Salmonella typhimurium	MIC	1.0	ug.mL-1	10.1021/jm00108a035
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium	Salmonella typhimurium	MIC	1.0	ug.mL-1	10.1021/jm00108a037
Serratia marcescens	Serratia marcescens	MIC	1.0	ug.mL-1	10.1021/jm00108a035
Serratia marcescens	Serratia marcescens	MIC	1.0	ug.mL-1	10.1021/jm00108a037
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